Atlantis, magnifique cité construite par les talentueux Anciens, une race d’alien humanoïde qui vivait il y a bien longtemps de cela. Depuis plusieurs milliers d’années, elle fut immergée au fond de l’océan sur une planète lointaine dans la galaxie de Pégase. Mais un jour, une petite équipe d’exploration découvrir la cité. Après de nombreux tracas et énormément de problèmes, la cité remonta à la surface alors que tous les membres de l’expédition croyait que l’aventure allait se terminer la mais il n’en fut rien.
Cependant la jeune équipe réveilla un des êtres les plus terrifiants de toute la galaxie, les Wraith. Ce nouvel ennemi est aussi impitoyable que féroce et se serve des humains qu’ils capturent sur diverses planètes grâce à leurs innombrables vaisseaux spatiaux comme de la nourriture et de la chair fraiche en les vidant de leur force jusqu’à temps qu’ils meurent. Depuis ce jour, les membres de l’expédition Atlantis combatte les Wraith et essaye de protéger au mieux les peuples des autres planètes.
Mais les Wraith ne sont pas la seule menace que les Atlantes doivent faire face. Des réplicateurs, des robots sous forme humanoïde créé à l’image des Anciens posent également problème. Leur mission est de détruire les Wraith et pour cela ils adoptent la stratégie que pour mettre fin au règne des Wraith, détruire et éliminer tous les humains vivant dans cette galaxie pour affamer les Wraith et les détruire une fois pour toute. Un jour pendant une journée toute à fait normal, les réplicateurs attaquèrent avec un satellite de combat la cité d’Atlantis. Face à cette menace, les membres de l’expédition n’eurent pas d’autres choix que d’envoyer la cité dans l’espace et la faire atterrir sur une nouvelle planète. Ce fut chose faite, maintenant les nouveaux Atlantes mise sous la direction du colonel Samantha Carter par le CSI doivent continuer à se battre contre tous leurs ennemis en essayant de garder la position de la nouvelle planète Atlantis dans le secret.
Mais entre-temps, Michael, un Wraith redevenu humain grâce à la génothérapie du docteur Beckett puis redevenu à moitié hybride entre forme Wraith et humanoïde a lancé une terrible maladie qui tue plus de trente pourcent des humains. Les terriens doivent donc faire face à cette nouvelle menace.
Aurez-vous le cran de rejoindre l’expédition Atlantis et protéger par tous les moyens les habitants de la galaxie de Pégase ? Il ne tient qu’à vous de décider !